Bioinformatics solution/NGS history
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BLAST 를 local에서 돌리기Bioinformatics solution/NGS history 2019. 6. 29. 21:43
BLAST를 내거 원하는 DB에 대해서 돌리고 싶을 때가 있다. 예를 들어 내가 대장균에 대하여 primer를 제작했는데, 해당 생물에 primer가 unique하게 달라 붙는가를 알고 싶을 때가 있다. 그러면 2가지 단계로 blast를 수행하면 된다. 1. 원하는 genome sequence에 대한 blast db 만들기 준비물 reference genome (fasta format) makeblastdb -in [reference genome; fasta] -dbtype nucl -out [output name] 해당 명령어를 실행하면 output name에 대한 3가지 확장자를 가진 파일을 얻게 된다. nhr nin nsq 해당 파일을 output name과 동일한 directory 아래에 보관하자..