분류 전체보기
-
[도쿄] 피터 루거스 - 뉴욕에 본점이 있는 유명 스테이크 맛Menu picking solution/Gourmet 2025. 3. 6. 17:25
피터 루거 스테이크 하우스 도쿄4.4Google 리뷰 1,241개 ¥10,000 이상 ‧ 음식점 100년 역사를 자랑하는 유명한 스테이크하우스로 세련된 분위기에서 고급 식사와 다양한 와인을 맛볼 수 있습니다.서비스 옵션: 예약 필요 · 전용 식당 있음 · 훌륭한 칵테일 제공주소: 일본 〒150-0013 Tokyo, Shibuya, Ebisu, 4 Chome−19−19 Peter Luger Steak House Tokyo 영업시간: 영업 중 ⋅ 오후 11:00에 영업 종료배달: 현재 이용 가능 ⋅ 오후 8:00에 종료 · 영업시간 더보기7주 전에 이 비즈니스에서 확인함전화번호: +81 3-6277-4336메뉴: peterluger.co.jp예약: wondertable.com, tablecheck.com ..
-
[**][Japan][Esquisse - Tokyo: French restaurant]Menu picking solution/Michelin guide 2025. 3. 6. 17:10
에스퀴스 프렌치 코스요리Esquisse 4.5Google 리뷰 468개 ¥10,000 이상 고급 프렌치 레스토랑프렌치 파인 다이닝에 어울리는 우아한 레스토랑으로 다양한 세트 메뉴와 와인 리스트를 선보입니다.서비스 옵션: 예약 필요다음 장소에 위치: ロイヤルクリスタル銀座주소: 5 Chome-4-6 Ginza, Chuo City, Tokyo 104-0061 일본전화번호: +81 3-5537-5580영업시간: 영업 종료 ⋅ 오후 12:00에 영업 시작메뉴: esquissetokyo.com예약: pocket-concierge.jp, opentable.jp, jpneazy.com예약은 쉽다. 영어로 다 진행가능하다.그리고 남자의 경우 자켓이 필요하다. (드레스 코드가 있다. 비즈니스 캐쥬얼)선3줄 정리1. 일식..
-
[**][Seoul][Jungsik-서울 정식당 한식 contemporary]Menu picking solution/Michelin guide 2025. 3. 6. 10:00
Basic information https://www.jungsik.com/menu/ Menu - Jungsik Menu - Jungsik New YorkJungsik Menuwww.jungsik.com정식당별점 4.4Google 리뷰 1,497개 ₩100,000 이상 한식당 서비스 옵션: 예약 필요 · 비건 메뉴 제공 · Wi-Fi 있음주소: 서울특별시 강남구 선릉로158길 11영업시간: 영업 종료 ⋅ 오후 12:00에 영업 시작전화번호: 02-517-4654예약: catchtable.net 예약은 캐치테이블에서 예약이 가능하다.선 3줄 정리1. 프렌치 베이스라 버터, 캐비어 느낌이 나는데, 빵은 안준다.2. 한식 색체가 강한것은 들기름의 사용, 시그니처인 "맛있는 김밥" (럭키 김밥천국), 그리고 재..
-
3.2. STAR aligner로 mapping 하기Bioinformatics solution/NGS STAR HTseq 2022. 12. 28. 18:35
우선 참조유전체(reference genome)이 있어야 한다. 그리고 paired end ILLUMINA sequencing fastq를 사용하는 이유는 요새는 이게 가장 싸다. (왜냐하면 NovaSeq으로 돌려야 bp당 sequencing 비용이 가장 저렴한데, 한번 flowcell을 돌릴때 같은 length의 single-end or paired-end data를 generation 해야한다. NovaSeq은 WGS 기준 30X로 30명 분을 생산한다고 하기 때문에, 다 같은 형태의 data - 같은 single or pair end, 그리고 150 bp or 100 bp- 형태로 같게 해야 한다.) 그렇기 때문에 나의 안내도 마찬가지로 paired-end mapping으로 기록하였다. 준비물: r..
-
3.1. STAR 사용을 위한 reference genome indexingBioinformatics solution/NGS STAR HTseq 2022. 12. 23. 20:51
우선 참조유전체(reference genome)이 있어야 하며, 이 fasta 파일의 indexing을 진행하여야 한다. 그런데, RNA 는 exon에 대한 정보가 추가적으로 필요하다. intron은 pre-mature RNA에서 splicing 된 후 capping 등의 가공을 통하 mRNA가 된다. 그렇기 때문에 NGS read가 빠르게 exon에 mapping하기 위해서 exon에 대한 정보까지 더하여 indexing을 진행하게 된다. indexing에 이용되는 RNA는 gencode를 통해 검증된 데이터를 이용하게 된다. 준비물: reference fasta, genocode GTF STAR --runMode genomeGenerate \ --genomeDir [reference genome di..
-
3.0. 왜 우리는 total RNA sequencing을 하는가? (mRNA sequencing과의 비교를 통한 접근)Bioinformatics solution/NGS STAR HTseq 2022. 12. 22. 23:12
RNA는 mRNA, tRNA, rRNA로 크게 나뉜다. 1. mRNA만 당겨오는 (enrichment) poly-A tail bait 형태의 mRNA sequencing 2. rRNA를 제거 하는 ribosomal RNA depletion kit를 이용하는 total RNA sequencing이 있다. 일반적으로 생각하면 2번을 이용하면 miRNA, siRNA등 다양한 RNA를 볼 수 있을 것이라고 생각한다. 하지만 아니다. small RNA는 size check를 이용하여 sequencing을 하게 된다. 그렇다면 왜 total RNA sequencing을 하게 되는것인가? 그리고 왜 우리는 약간의 돈을 더 주고 total RNA sequencing을 하게 되는가? 1번의 경우에는 poly-A tail..
-
2. FASTQ 다루기Bioinformatics solution/NGS STAR HTseq 2022. 12. 21. 20:50
2.1. FASTQ adapter 제거하기 준비물은 fastq 이며, 사용한 illumina machine과 library kit을 알아야 한다. illumina machine 중 nextseq과 novaseq의 경우 2-color chemistry를 통하여 4 가지 nucleotide를 구분하게 된다. 그렇기 때문에 poly-G 가 실제 poly-G인가 아니면 non-signal 인가를 구분하여야 한다. 3 prime sequence가 끝까지 G로 연속되는 homopolymer라면 CutAdapt 프로그램이 non-signal로 인식하게 제거해 준다. library kit 마다 adapter 서열이 다르기 때문에 (대부분은 TruSeq adapter 서열을 이용하면 된다) 이를 조정하기 위해서 서열을 ..
-
1. RNA sequencing 분석하기Bioinformatics solution/NGS STAR HTseq 2022. 12. 21. 20:37
RNA seq 가격이 떨어져서 micro array를 대체한지 어언 10년이 되었다. 이에 따라 수 많은 review 논문에서 RNA seq 분석방법이 정리되어 오고 있다. 초심자들에게 직접적인 명령어를 공유하고 빠른 분석을 하고자 이번 글을 쓰게 되었다. 앞으로 부지런히 bioinformatic blog를 정리하여 올리도록 하겠다. 이번에 올릴 분석 방법은 illumina paired-end sample을 대상으로 작성되었다. (왜냐하면 요새 국내 NGS 데이터 생산 vendor 사에서 100 bp paired end로 100 M reads의 total RNA seq을 주로 서비스 하기 때문이다.) 우선 해당 사항은 10.1038/s41576-019-0150-2 을 기반으로 쓰여지게 되었다. 가장 흔한..