BLAST 를 local에서 돌리기

BLAST를 내거 원하는 DB에 대해서 돌리고 싶을 때가 있다. 

 

예를 들어 내가 대장균에 대하여 primer를 제작했는데, 해당 생물에 primer가 unique하게 달라 붙는가를 알고 싶을 때가 있다.

 

그러면 2가지 단계로 blast를 수행하면 된다. 

 

1. 원하는 genome sequence에 대한 blast db 만들기

 

준비물
reference genome (fasta format)

makeblastdb -in [reference genome; fasta] -dbtype nucl -out [output name]

해당 명령어를 실행하면 output name에 대한 3가지 확장자를 가진 파일을 얻게 된다.

nhr nin nsq

해당 파일을 output name과 동일한 directory 아래에 보관하자!

 

2. 만들어진 db에 blast 돌리기

준비물
primer sequnece (fasta format; query sequence)
앞서 만든 blast db path

 

blastn -query [query sequence; fasta] -db [blast db dir] -num_threads '6' > [output txt]

 

이러면 primer가 해당 genome에 대하여 unique한 가를 파악 할 수 있게 된다.

 

괜히 엄한 primer 만들지 말고 in vitro, in vivo 이전에 in sillico를 해보자