3.3. Qualimap2로 BAM 검증하기 (QA QC)

http://qualimap.bioinfo.cipf.es/

다운 받자

BAM의 경우 SAMTOOLS 만으로도 충분히 QA QC를 할 수 있다.

하지만,,, 내부적으로 이미 확보된 QAQC 파이프라인이 없을 땐 

QualiMap2를 이용하면 훌륭한 검증을 할 수 있다. 

depth 알 수 있다. 

coverage 알수 있다.

mapping ratio 알 수 있다.

이정도에 visualization 까지 하면 훌륭하지 않은가?

* 잠깐

PCR artifact는 PCR에 의해 생성되는 인공물로, 같은 DNA 조각이 분석될 수 있음을 암시한다. duplicate를 찾는 방법은 다음 사이트에 나와 있다.

내용을 요약하자면 같은 위치에 맵핑이 된다면, 우연히 같은 모양으로 shearing되었다고 판단하기 보다는 PCR에 의해 amplification된 duplicate라고 생각하는 것이 맞다는 것이다.

http://www.htslib.org/algorithms/duplicate.html

이러한 사유로, 참조유전체에 대하여 정렬하고 duplicate도 체크 하는 과정을 거쳐야 한다.

준비물
BAM 파일 준비 (Samtools로 duplicates marking한 것, 그래야 duplicates 양 알 수 있음)

qualimap --java-mem-size=80G bamqc -bam [sample bam] --outfile [sample].html

이것만 검토해도 실험이나 샘플에 문제여부를 판단 할 수 있다. 

결과 파일 한번 쭉 보는 행동만 하면 된다.