3.0. 왜 우리는 total RNA sequencing을 하는가? (mRNA sequencing과의 비교를 통한 접근)

RNA는 mRNA, tRNA, rRNA로 크게 나뉜다. 

1. mRNA만 당겨오는 (enrichment) poly-A tail bait 형태의 mRNA sequencing

2. rRNA를 제거 하는 ribosomal RNA depletion kit를 이용하는 total RNA sequencing이 있다.

일반적으로 생각하면 2번을 이용하면 miRNA, siRNA등 다양한 RNA를 볼 수 있을 것이라고 생각한다. 하지만 아니다. small RNA는 size check를 이용하여 sequencing을 하게 된다. 그렇다면 왜 total RNA sequencing을 하게 되는것인가? 그리고 왜 우리는 약간의 돈을 더 주고 total RNA sequencing을 하게 되는가?

1번의 경우에는 poly-A tail이 살아있는 mRNA만 enrich 되어서 cDNA를 만들어서 sequencing을 하게 된다. 반면에 rRNA depletion의 경우 rRNA가 사라지고, pre-mature mRNA나 degraded mRNA가 살아 있게 된다. 즉 현실의 mRNA 중에서 일부 poly-A tail이 degraded 된 RNA 까지 sequencing되는 것이다. 더 자연스러운 RNA의 생태를 sequencing 하게 되는 것이다. 그렇기에 현재에는 돈의 차이가 거의 나지 않기에 total RNA sequencing을 하게 되는 것이다. 

이를 기억하고 다음과정을 공부해 보자.